Un premier Protocole d’accord de 1998 réglementait les vols de nuit de 23H à 6H. Il a été actualisé en 2019 et il définit les conditions actuelles d’exploitation de l’aéroport entre 22H et 6H comme suit :
Les vols autorisés la nuit sans conditions :
- Vols à enjeux de sécurité publique : sur décision préfectorale
 - Vols d'Etat : transport de personnel diplomatique français ou étranger ou des vols militaires
 - Evacuations sanitaires : transport de personnel médical ou d'organes, sauvetage
 - Déroutements météo : accueil d’avions déroutés en raison de conditions météo défavorables
 - Sécurité civile : Actions de secours d'urgence et de sauvetage
 - Vols humanitaires : Action de secours
 - Vol postal : Transport du courrier (abandonné en décembre 2013)
 
Les autres vols de nuit doivent remplir deux conditions :
- Conditions de certification de bruit des aéronefs, exprimée en marge cumulée EPNdB
- Avions de marge cumulée égale ou supérieure à 10 EPNdB : 
- Seuls autorisés entre 24H et 6H depuis le 1er avril 2020
 - Seuls autorisés entre 22H et 24H dès le 1er avril 2021
 
 - Avions de marge cumulée égale ou supérieure à 13 EPNdB : 
- Seuls autorisés entre 24h et 6H dès le 1er avril 2021
 
 
- Condition liée à la nature du vol
- Fret avionné : décollage jusqu’à 23H30 et atterrissage jusqu’à 24H, puis interdit jusqu’à 6H
 - Vol retardé : à l’atterrissage ou au décollage mais étant préalablement programmé
 - Dérogation annuelle : dérogation accordée pour 1 an par la Commission de suivi
 - Dérogation exceptionnelle : vol non programmé autorisé par la Commission de suivi
 
Le Rapport Environnement établi par l'aéroport présente les tableaux annuels de statistiques pour les vols nocturnes :
 
 

 
 
 

Accroissement depuis 2014 des vols après 23h00 et dérogations excessives accordées sans réelle justification jusqu’à fin 2019. Ce mécontentement est à l’origine du nouveau Protocole de 2019.

Suppression des vols postaux en décembre 2013, soit près de 250 mouvements nocturnes annuels en moins, qui étaient opérés avec un avion bruyant.
